Przebarwienia wewnątrzpochodne są najczęściej wynikiem chorób ogólnoustrojowych bądź zażywania niektórych leków. Np. fluoroza czyli nadmierna podaż fluoru w diecie może powodować białe, żółtawe lub brązowe plamy, a przyjmowanie antybiotyków z grupy tetracyklin czy żelaza ciemne przebarwienia.

Zewnątrzpochodne przebarwienia są spowodowane najczęściej paleniem papierosów oraz dużej ilości w diecie barwiących pokarmów i napojów takich jak czerwone wino, herbata, kawa, zioła, przyprawy).

Przebarwienia na zębach mogą powstać na skutek rozszczelnienia wypełnienia, albo obecności wypełnienia amalgamatowego. Szczelina znajdująca się pomiędzy wypełnieniem kompozytowym, a zębem chłonie barwniki z jedzenia, tworzy się ciemna obwódka. Nie zawsze oznacza to próchnice wtórną pod wypełnieniem, czasami wystarczy zdjęcie powierzchownej warstwy wypełnienia i ponowne założenie jego części, czyli tzw. odświeżenie wypełnienia.

Szare wypełnienia amalgamatowe powodują tzn. tatuaż amalgamatowy na tkankach miękkich oraz szaro-czarne przebarwienie zęba. Białe plamy na zębach może być pochodzenia próchnicowego, czyli stanowić bardzo wczesne stadium próchnicy albo być spowodowane wrodzoną wadą szkliwa lub przyjmowanie zwiększonej ilości fluoru.